1.内分泌失调
人体内分泌系统，精确地协调控制着整个妊娠过程。内分泌系统生成的某些激素，如雌激素、孕激素、人绒毛膜促性腺激素等，都对胚胎的形成与发育有重大的作用。
如果分泌激素的腺体或细胞出现异常使得这些激素分泌不足，就不能满足胚胎发育的需求，导致胚胎的停育，其中黄体功能不全最为常见。由于黄体功能异常，子宫内膜的发育不完全，使受精卵难以着床，或导致流产。
此外，黄体功能不全患者往往会患有其他腺体功能不良，常见的有甲亢、甲减、糖尿病、高泌乳素血症等，这些疾病均会对胎儿发育构成不利影响，甚至致使流产。
2.免疫因素
从本质上说，胎儿基因来自父母双方，其遗传学信息和母体有一定差异。也就是说，胎儿几乎是天生就作为一种“抗原”，可能被母体的免疫系统所排斥和抵抗。人体自身免疫系统出现的异常情形，患有红斑狼疮、皮肌炎等疾病，或人体自身固有的抗体，都有可能对胚胎产生排异作用。经过广大医学工作者的长期研究，认为这样的影响可能表现在4个方面：
(1)抗精子抗体：该抗体的存在会抑制精卵结合。
(2)抗子宫内膜抗体：该抗体的存在，会使胚胎发育迟缓。
(3)抗卵巢抗体：该抗体的主要作用在于影响卵细胞质量。
(4)抗绒毛膜促性腺激素抗体：正常情况下，精卵结合大约一周后，人体就会分泌抗绒毛膜促性腺激素。但在该抗体的作用下，可致使此激素分泌可能不足，可能造成停育。
3.子宫异常
子宫是胎儿生长的环境。如果子宫出现某种异常变化，一定会对胎儿的发育造成影响。
(1)先天性苗勒氏管病变：具体病症为子宫宫腔狭窄，并伴随有供血不足的现象。
(2)宫腔粘连：当子宫内壁受伤或遭受细菌感染时，宫腔会发生粘连，或出现严重的纤维化，正常蜕膜和受精卵的着床受到影响。
(3)子宫肌瘤及子宫内膜异位症：有这些病症的孕妇，往往子宫部位的供血不足、静脉扩张，蜕膜化难以同步，致使受精卵着床失败。此外，肌瘤引发的激素失调也可能导致停育。
(4)如罹患宫颈口松弛，或宫颈其他异常发育，中期流产的概率比较大。
4.染色体异常
染色体异常，包括数量异常和结构异常，这是导致胎儿停育或流产的重要因素。
两性间染色体的配对，其本质是基因片段的交换重组，如果这一过程出现了异常，则会导致妊娠失败。以目前的医学技术，还没有有效的办法来治疗，但可以在产前进行遗传学检查与诊断，来确保生育健康的宝宝。
即使夫妇2人都通过了遗传学检查，也不能确保万无一失。还可以存在以下几个问题：
(1)产妇年龄过大：高龄产妇(大于35周岁)，其卵细胞处于老化状态，染色体分离困难，这就会引起染色体异常。
(2)精子异常：正常的精子都是单倍体，但是某些畸形的精子可能出现二倍体的现象，受精后会出现多配体的胚胎。这样的胚胎无法继续发育下去，最终会流产。
(3)外界因素：毒性物质、放射性物质等都可能致使染色体的异常变化。
5.生殖系统感染
母体发生感染后，血液会将病原微生物运转到胎盘，突破胎盘屏障，损害绒毛膜和毛细血管。生殖系统轻度的TDRCH感染可能会导致畸形，严重感染者就有发生停育或者流产的危险。据一项研究显示，出现胚胎停育的女性，其宫颈被支原体感染的比例要比正常人高很多。
6.环境因素
胎宝宝对外界环境相当敏感，非常容易受其影响。外界环境中的不良因素，如重金属、放射性物质、超声波、磁场、高温、噪声等，这些都会伤害胚胎，甚至使胚胎停止发育。使用某些药物也会危及胚胎的健康与安全，造成畸形、死亡等不良后果。另外，一些不好的生活方式，如熬夜、抽烟、酗酒等，也不利于胚胎正常生长。