小儿甲亢的治疗不同于成人，在口服药、手术切除及核素碘治疗三者中，首选为口服药，一般需口服治疗2～3年；桥本病导致者可缩短些。疗法的选择应根据患儿年龄、病程、甲亢类型、甲状腺大小、药物反应、有无桥本病、家长能否坚持治疗等。仅在药物治疗无效时才考虑手术或用核素碘疗法。
1.一般治疗
在疾病期间应注意休息在读学生免修体育课。避免外来的刺激和压力，饮食应富有蛋白质糖类及维生素等。
2.甲巯咪唑（又称他巴唑）
本药能阻抑碘与酪氨酸结合，抑制甲状腺激素的合成，口服后奏效快而作用时间较长（半衰期为6～8小时），用药1～3个月后病情基本得到控制，心率降到80～90次/分，血T3、T4亦降到正常时可减量1/3～1/2，如仍稳定，逐步减至维持量，一般用药2～3年为宜。少数小儿用药后可能发生暂时性白细胞减少症或皮疹停药即消失严重者可发生粒细胞减少、肝损害、肾小球肾炎脉管炎等，虽属罕见在使用中仍须仔细观察。粒细胞缺乏症多发生在服药开始几周或几个月，常伴有发热，故在治疗最初期间应经常复查血常规，发现白细胞低于4×109/L，应减少或停服抗甲状腺药物并给予升白细胞药物（如鲨肝醇、利血生、莫拉司亭等）治疗皮疹一般经抗过敏药，如苯海拉明、氯苯那敏（扑尔敏）、阿司咪唑（息斯敏）等治疗可好转，严重的皮疹可试用糖皮质激素。
3.丙硫氧嘧啶（PTU）
除抑制甲状腺激素的合成外，同时还减少在外周组织的T4转化成T3，毒性与甲巯咪唑类相同。丙硫氧嘧啶（PTU）被吸收后大多在血循环中与蛋白质结合极少通过胎盘，不致损伤胎儿。
4.普萘洛尔
如心血管症状明显者可加用肾上腺素能受体阻断药普萘洛尔（心得安）作为辅助药物，减轻交感神经过度兴奋所致的心率快、多汗、震颤等症状。
5.甲状腺粉（片）
治疗过程中若出现甲低、甲状腺肿大或者突眼更明显者，应加服甲状腺粉并酌情减少甲巯咪唑（他巴唑）用量。
6.手术
对有药物过敏、粒细胞减少、甲状腺肿瘤、甲状腺明显肿大且服药后缩小不明显，服药后复发不愈者等，则有甲状腺手术切除治疗适应证。术前应用抗甲状腺药物2～3个月使甲状腺功能正常。术前服碘/碘化钾（复方碘溶液）1～2周防止术中出血。自术前4天至术后7天，口服普萘洛尔（心得安），每6小时1次。手术后甲低发生率为50%，少数出现暂时性或永久性甲状旁腺功能减低。
7.核素碘治疗
近来不少学者推荐甲亢用核素碘治疗，认为简单、有效、经济且无致癌危险。治疗后甲状腺可缩小35%～54%，但远期甲低发生率可高达92%。
8.新生儿甲亢
轻者不必用药，症状明显的可用丙硫氧嘧啶，重症加服普萘洛尔（心得安）及对证治疗，必要时输液，加用抗生素及皮质激素等。
9.甲亢危象的治疗
小儿极少见甲亢危象。诱因有：感染、劳累、手术前准备不充分、精神创伤等。可表现为高热、脉速、烦躁不安大量出汗，吐泻，重症伴有休克治疗应大量给予碘剂口服加静注，卢戈液口服，NaI加入葡萄糖生理盐水内静点，用碘前1h加服丙硫氧嘧啶（能使T4在周围组织内转化为T3减少，故至危重情况较甲巯咪唑为优），每6小时服用。普萘洛尔（心得安）静脉慢推吸氧、退热镇静、控制感染、静脉中加注氢化可的松，必要时洋地黄控制心力衰竭等。