IBD的治疗目标是针对控制慢性非特异性炎症发作、维持缓解。治疗的着眼点是针对发病机制的各个重要环节予以阻断。IBD的治疗首先要考虑：①疾病的部位和范围，此与治疗方法的选择、药物的反映及预后密切相关。②疾病的活动度与严重度：不同期、不同程度的病变应采用不同的对策，估计预后。③疾病的病程，初发者治疗反应好，而复发者差。④病人的全身情况和有无并发症，有助于不同治疗方法的选择、预后估计和生活质量的评价。治疗原则有三：①尽早控制症状;②维持缓解，预防复发;③评价内科治疗的效果，确定内外科治疗的界限，防治并发症。
1.内科治疗
(1)一般治疗：保持营养与水、电解质平衡，重症者予以高热量、高蛋白、多种维生素与低脂低渣饮食，补充多种微量元素、输血、血浆、人血白蛋白纠正低蛋白血症，纠正酸碱平衡。频繁呕吐者应用适量解痉剂，并发感染者加用抗生素如甲硝唑(灭滴灵)等。
(2)药物治疗：糖皮质类固醇(GCS)适用中重度病例，具有肯定的抗炎作用及免疫抑制效果。对CD有瘘管形成及脓肿者禁用。
①泼尼松和泼尼松龙：1～2mg/(kg·d)，2～3次/d，共2～3周，症状缓解逐渐减量，隔天或间隙疗法[1mg/(kg·d)]，持续4～6周，后再逐渐减量至停药，总疗程2～3个月。
②氢化可的松和甲泼尼龙(甲基强的松龙)：
A.静脉给药：适用于口服无效重症病例的静脉给药。氢化可的松10mg/(Kg·d)，甲泼尼龙(甲基强的松龙)1～1.5mg/(kg·d)，分次静脉给予10～14天。注意脓毒血症、低钾、发热、肠穿孔。
B.局部治疗：适用于直肠至左半结肠局部轻、中型病例。氢化可的松25～50mg/次，泼尼松龙琥珀酸钠(琥珀氢化考的松)25～50mg/次，加入生理盐水50ml内，保留灌肠至少1h，1～2天1次，疗程10～14天。泡沫剂每次5ml直肠内注入可达乙状结肠。栓剂对直肠有效，携带使用方便。
C.用肾上腺皮质激素肠系膜动脉灌注：在日本应用于UC病例中获得较好的效果。
(3)柳氮磺吡啶(水杨酸偶氮磺胺吡啶)：柳氮磺吡啶(SASP)是治疗轻中度IBD的主要药物，也是维持缓解惟一有效的一类药物，口服后其中75%经结肠细胞分解偶氮链断裂成为5-氨基水杨酸(5-ASA)与SP，前者是治疗的有效成份，有抑制局部炎症，清除自由基对组织的损伤及抑制免疫反应等作用。常用于UC与结肠CD。剂量50～75mg/(kg·d)，2～3次/d，病情稳定后逐渐以维持量，疗程2年。不良反应有胃肠道不适、恶心、呕吐，头痛，皮疹，血小板数量减少、功能下降、叶酸吸收下降及少数有骨髓抑制，不宜长期大剂量应用。
(4)美沙拉嗪(5-ASA，5-氨基水杨酸)：较柳氮磺吡啶(SASP)抗炎作用强，不良反应减少，适用于不能耐受柳氮磺吡啶(SASP)者或柳氮磺吡啶(SASP)疗效不佳者。每天20～30mg/kg，分3次，症状缓解后改维持量(1/2治疗量)。
4-氨基水杨酸(4-ASA)，对UC有效。
Pantasa系由2个5-氨基水杨酸(5-ASA)分子通过偶氮链连接而成，在结肠内可释放出2个分子5-氨基水杨酸(5-ASA)，使用药量减少50%，且不良反应少。
(5)免疫抑制剂：常用于柳氮磺吡啶(SASP)不能耐受、对肾上腺皮质激素依赖、病变广泛不能手术者。应用时需定期检查白细胞计数，血小板计数。
①硫唑嘌呤：用于顽固性CD;对肾上腺皮质激素、柳氮磺吡啶(SASP)、甲硝唑(灭滴灵)治疗无效;长期依赖肾上腺皮质激素(如泼尼松使用半年以上)出现严重不良反应;并发各种瘘管、肛周病变，为维持缓解可与肾上腺皮质激素并用。术前应用使病情稳定，术后应用防止复发。剂量：1～2mg/(kg·d)，疗程2～3个月。国外报道2/3的病例7年内缓解。
②巯嘌呤(6-MP)：1.5mg/(kg·d)，2次/d。国外报道对CD缓解率67%，瘘管愈合率50%。
③环孢素：用于顽固性难治性急性重症IBD，尤其适用于大剂量静脉注射肾上腺皮质激素7～10天，临床未改善及一般情况比较差的患儿。剂量1～2mg/(kg·d)，静脉滴注，随后口服4～8mg/(kg·d)，许多研究显示其有效，尤其对那些准备手术而尚未手术者，对早期诊断的年幼患儿最有效，急性期治疗6～8周然后逐渐减量，同时开始其他免疫抑制剂治疗。
(6)中医中药治疗：局部中药保留灌肠加中医辩证论治对UC有效，如北京报道锡类散、云南白药加普鲁卡因保留灌肠缓解率74.1%;广州报道三黄汤灌肠加中药辩证论治缓解率66.7%等。
(7)抗生素：抗生素本身对IBD无效，仅用于重症及中毒性巨结肠等继发感染。常用有氨苄西林(氨苄青霉素)、甲硝唑(灭滴灵)、庆大霉素及磺胺类等。
2.营养支持疗法 IBD患儿大多发生蛋白质-能量营养不良，往往存在包括维生素、矿物质及微量元素等在内的多种营养素的缺乏症，故应重视IBD的营养治疗。根据病情予以肠内营养，如要素饮食或全静脉营养。要素饮食改善病人营养状态，改变肠道菌群，在空肠吸收，可减少食物、消化酶到达病变肠段;减少食物中蛋白质等外源性致敏源对病变的刺激;可缓解症状，改善活动期指标(Hb、ESR、血浆蛋白等)，恢复和促进小儿生长发育。
要素饮食成分：葡萄糖、玉米糖浆、麦芽糖浆、氨基酸、酪蛋白水解物，蛋清酪蛋白、玉米油、无脂牛奶、乳糖等，按不同配方把糖、蛋白质、脂肪，以一定的比例配成溶液，根据不同个体的需要计算出总量，分次喂服(例每3～4小时1次)，或经鼻胃管24h持续滴入，疗程可数月。
对于重症或病情恶化的IBD患儿，对药物无效而病情活动者，术前必须改善全身情况纠正营养代谢障碍以适应手术。术后不能进食者，不完全性梗阻、瘘管形成或严重肛周病变者，采用全静脉营养(TPN)及完全肠道休息。
3.生物治疗 生物治疗药物是近年才发展起来的。主要基于免疫活性细胞、巨噬细胞，特别是T淋巴细胞在免疫反应中的中心地位，针对其分化、转录、表达中的关键步骤，在细胞的分子水平进行干预，尤其针对各种促炎因子的阻断和抗炎因子的促进和补充，以达到消除炎症反应的目的。研究最多的是TNF-α，使用TNF-α单抗治疗顽固性CD，取得突出疗效，目前该药已在英、美等国批准投放市场。有以重组IL-10治疗CD的临床试验的报告，但相继的临床报道不尽人意。新近有IL-12、IL-8拮抗剂、IFN-r单抗、IL-lra及ICAM等试剂的使用，疗效尚待观察。
4.外科治疗
(1)UC：
①手术指征：
A.急性发作：重症或暴发性病例，有穿孔、出血、中毒性巨结肠者。
B.慢性病变：反复发作，呈慢性消耗，蛋白丢失者，儿童生长发育受限者，长期需用大剂量激素者。
C.恶变：病情重，病变广泛持续，年幼发病者易于癌变。
D.严重的肠外并发症，肛周并发症久治不愈者。
②手术方法：
A.全结肠、直肠切除及回肠造瘘术：病情严重全身衰竭者可先行回肠造瘘，病情好转后再行二期全结肠直肠切除，能根治病变，而永久性造瘘带来终身的麻烦与痛苦。
B.全结肠切除、回直肠吻合术：较适合小儿，可保留直肠，但需防止复燃，可口服柳氮磺吡啶(SASP)或局部灌肠，需长期随访，直肠镜追踪。
C.全结肠切除及自制性回肠造瘘术：造瘘前回肠作侧缝合，人工造成囊袋或瓣膜使粪便可以储存。
(2)CD：绝大多数(85%)CD患者需手术，约50%复发后再手术，对手术指征、方式、时机及术前术后处理均需认真考虑。
①手术指征：穿孔、出血、梗阻、瘘管、脓肿形成和中毒性巨结肠等并发症。以及顽固性病例内科治疗无效者。
②手术方法：
A.局部切除：多用于结肠CD，小肠局限性病变如狭窄、瘘管、脓肿。切除肠段应尽量短，以免带来吸收不良，短肠综合征等。
B.短路术：十二指肠CD，用胃空肠吻合术;结肠CD用全结肠切除回肠造瘘术等。
C.肛周并发症：脓肿切排，瘘管切除。
5.治疗方案 目前无儿科的治疗方案，参照国内外经典方案的原则。理想的治疗必须遵循一定的常规，在确定病程、病型、病期、分度、部位以及有无并发症的基础上，采用规范的治疗方案，以下方案供参考。
治疗目的诱导缓解、维持缓解、保证生长发育，尽量使患儿有正常的生活，大多数IBD患儿呈间歇性发作，间歇时间从数月至数年，其最早的发病年龄可在婴儿期。