1.中毒性巨结肠 为溃疡性结肠炎最严重的并发症之一。死亡率高达20%～30%，其发生率大概在3%～5%。一般在溃疡性结肠炎发病的头5年之内发生，有25%～40% 在初次发作时发生，多出现在重型及全结肠炎型患者。使用胆碱能受体阻断药、钡灌肠或肠镜检查及存在低钾血症均可诱发。其病理生理改变并不十分清楚。病理可见全肠壁的炎症。由于炎症波及肌层和肌间神经，致肠壁的张力降低，蠕动减弱，肠内积气，内容物淤积，肠管壁高度扩张，从而导致腹膜炎症出现。细菌分解物及毒素释放以致出现全身中毒症状。严重者甚至可出现结肠穿孔。
中毒性巨结肠的诊断要点如下：
(1)临床及放射线检查：有结肠扩张的证据，结肠宽度>6cm。
(2)有全身中毒的表现：包括发热、心动过速、末梢血白细胞增加、贫血等;病情迅速恶化，甚至出现腹膜炎症及肠穿孔。
(3)其他：还可以有腹水、精神症状、电解质紊乱、低血压及低蛋白血症等。
中毒性巨结肠的发生可在数小时之内，亦可经历数天的过程，因此对重症溃疡性结肠炎患者应随时注意腹部体征的变化。特别值得注意的是，中毒性巨结肠发生之后，大便的次数及量可能反而减少，这主要是肠内容物淤积的结果，并不意味着病情减轻。
2. 消化道大出血 便血为本病的主要症状之一，然而有大约3%的溃疡性结肠炎患者可发生肠道大出血，多为严重病例。其发生较突然，甚至需要输血抢救。这类病例大多找不到单个固定的出血病灶，而是肠黏膜普遍溃疡出血的结果。有人注意到，合并大出血时可能存在低凝血酶原血症，可能也是大出血的原因之一。多数病例保守治疗有效。如存在低凝血酶原血症则应积极纠正。
3.结肠穿孔 多发生在中毒性巨结肠的基础之上。偶尔也出现在中等重度的患者，其发生率大概为1.8%。穿孔多发生于左半结肠，可以是多个部位穿孔。临床表现为剧烈腹痛，查体有腹部弥漫压痛、反跳痛及肌紧张等弥漫性腹膜炎体征。应注意使用激素治疗时往往会掩盖穿孔的临床表现。死亡率高达50%。
4. 结肠狭窄 溃疡性结肠炎合并结肠狭窄较为少见。其中约有1/3发生在疾病的最初5年，其余大部分发生在5～25年之间。好发部位在直肠和乙状结肠，其他部位结肠也可发生。一般在2～3cm的肠段出现狭窄，严重者可出现梗阻。组织学检查显示病变肠段黏膜肌层的萎缩和增厚。在结肠狭窄出现时应注意与癌变区别。
5. 癌变 溃疡性结肠炎出现癌变的几率较一般人群明显升高。西方国家报道结、直肠癌并发率为5%左右，一般认为随着病程延长，癌变的危险性增加。有报道表明，在本病发病10年以上者的年癌变率为0.5%～1%，终生随访发现其癌变危险性为15%，对年轻患者来讲则癌变率更高，21岁以下诊为溃疡性结肠炎的患者，在发病20年内的癌变率达9%～20%。病变累及全结肠者癌变率较高。结肠黏膜癌变的组织类型为腺癌，多发生在扁平或略隆起的黏膜部位，可在多点出现癌变，结肠的各部位均可发生。在欧美国家将本病视为癌前病变，而我国轻型的溃疡性结肠炎患者居多，故癌变率相对较低，有报道为0.8%～1.1%。
6.肛周脓肿及瘘管 偶可发生，但少见。