1.婴儿室及新生儿病室的工作人员当入室前应严格执行洗手消毒制度。人员要相对固定，要求有较强的专业知识和经验。
2.室内发生流行性腹泻时应立即消毒隔离，将患儿集中治疗。对接触过患儿的婴儿集中在另一间观察，一旦发病即转入腹泻病房。流行病区应检疫至流行停止。至少应另开一间专收新病儿的病房，其中的工作人员应与流行区分开。
3.病儿及接触过的婴儿大便培养必须2～3次阴性后方允许出院。留下的衣物、被褥及用具必须严格消毒才能再用。出院后的婴儿如在一周内发生腹泻必须到原产院或医院就诊，不可收入其他医院，以免散播。
4.如孕妇发生腹泻应立即与其他产妇隔离，并积极治疗，暂时停止对婴儿抱奶。婴儿也应隔离，并做大便培养至阴性时始解除。
5.积极治疗患婴，（详见小儿感染性肠炎），腹泻新生儿易发生脱水、酸中毒和低血钾症，应及时从静脉补充液体和电解质，纠正酸中毒，下列补充量作为参考：轻度脱水足月儿120～150ml/kg/d，早产儿150～200ml/kg.d；中度脱水足月儿150～200ml/kg.d，早产儿200～250ml/kg.d；重度脱水足月儿200～250ml/kg.d，早产儿250～300ml/kg.d。补充钠、钾、氯离子根据血电解质测试而定，一般情况下生理盐水与10％葡萄糖液之比例在轻度脱水约为1∶2，中度1∶1，重度1∶1～2∶1。治疗酸中毒轻度者在补充液体后会自行纠正，严重酸中毒者在基础液体中增加NaHCO3，第一次量用5％NaHCO31～2ml/kg，待BE或CO2结合力检查结果出来后则根据BE计算。
应补充的NaHCO3mmol数=体重（kg）×0.3×BE数将此量扣除第一次加入NaHCO3量从静脉缓慢滴入。腹泻愈重，往往低血钾也愈重，在脱水和酸中毒初步改善后即需补充钾离子，约2～6mmol/kg.d，根据低钾程度而定。从静脉缓慢滴入不少于8小时。
抗菌药物除严重鼠伤寒杆菌腹泻选用阿米卡星或头孢哌酮（或其他第三代头孢类）外，其他不一定要用抗菌药物，而用微生态制剂，内含双歧杆菌、乳酸杆菌或粪链球菌（如培菲康、回春生、乳酶生），以婴儿肠道正常菌种替代过多繁殖的其他微生物，维持肠道正常生态平衡。还可使用蒙脱石散（如司迈特1克儿童装和思密达3克装），司迈特1克儿童装每天3次，一次袋，一袋一克。思密达3克装需手工分3次口服，疗程3～6天。蒙脱石散不进入血液循环服用安全，服用几个小时后随大肠蠕动排出体外，它的主要成分天然蒙脱石微粒对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素气体有极强的固定、抑制作用，且对胃肠粘膜有很强的覆盖保护能力，修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御能力。具有平衡正常菌群和局部止痛作用。