一、非典型病例须与细菌性痢疾、过敏性紫癜(过敏性紫癜因肠痉挛及血肿也可诱发肠套叠)、肠囊肿以及肠内外肿瘤引起出血或肠梗阻相鉴别。
1、细菌性痢疾：
细菌性痢疾简称菌痢。是志贺菌属(痢疾杆菌)引起的肠道传染病。
临床表现主要有发冷、发热、腹痛、腹泻、里急后重、排粘液脓血样大便。
中毒型菌痢起病急骤、突然高热、反复惊厥、嗜睡、昏迷、迅速发生循环衰竭和呼吸衰竭，而肠道症状轻或缺如，病情凶险。 菌痢常年散发，夏秋多见，是我国的常见病、多发病。
2、过敏性紫癜：
过敏性紫癜又称亨-舒综合症(Henoch-Schonlein purpura,HSP)，是一种较常见的微血管变态反应性出血性疾病。病因有感染、食物过敏、药物过敏、花粉、昆虫咬伤等所致的过敏等，但过敏原因往往难以确定。儿童及青少年较多见，男性较女性多见，起病前1～3周往往有上呼吸道感染史。
3、肠囊肿：
肠囊肿多发于成人，见于儿童和婴儿，0%～90%为女性患者.临床表现缺乏特异性，床上常因误诊而采取不当的治疗措施。献报道最常见的是直肠局部的压迫症状，有便秘,直肠充盈感，便时疼痛，便形状改变等;可有尿道压迫症状，尿痛，难产或坐骨神经痛等。
4、肠梗阻：
肠梗阻(intestinal obstruction，ileus)指肠内容物在肠道中通过受阻。为常见急腹症，可因多种因素引起。起病初，梗阻肠段先有解剖和功能性改变，继则发生体液和电解质的丢失、肠壁循环障碍、坏死和继发感染，最后可致毒血症、休克、死亡。当然，如能及时诊断、积极治疗大多能逆转病情的发展，以致治愈。
二、慢性肠套叠则须与蛔虫肠梗阻及结肠肿瘤相鉴别。
1、蛔虫肠梗阻：
蛔虫外科病中以蛔虫肠梗阻(intestinal obstruction due to ascariasis)最常见，多因口服不足量驱虫药(特别是山道年)及机体内环境的改变如发热、腹泻等引起蛔虫聚集成团而阻塞肠腔造成梗阻。阻塞部位以回肠末端最多见但可发生于小肠的任何部分。
2、结肠肿瘤：
是胃肠道中常见的恶性肿瘤，发病率仅次于胃和食管癌，是大肠癌的最常见部分。 根据临床观察，发现一部分肠癌，发生于直肠息肉或血吸虫病的基础上;肠的慢性炎症，有的能诱发癌变;高脂高蛋白饮食引起胆酸分泌增加，后者被肠内厌氧菌分解为不饱和的多环烃，也可致癌。