多数病人预后良好，经数周、数月甚至迁延数年渐痊愈。少数呈暴发起病，因心源性休克、急性心力衰竭或严重心律失常于数小时或数天内死亡。个别病例因严重心律失常猝死。有的呈迁延过程，遗留不同程度左室功能障碍，其中有的仅有超声心动图或心电图改变，并无临床症状，然而少数病例则因心力衰竭迁延不愈，导致死亡。曾报道经组织学确诊的急性重症心肌炎35例患儿的病程及预后，患者年龄中位数3.3岁(1～15.1岁)，均有急性心力衰竭及(或)严重心律失常，于发病1～47天(中位数7天)入院。治疗上除抗心力衰竭，抗休克和抗心律失常外，均加用甲基强地松龙和静脉输入免疫球蛋白。35例中6例入院时有严重急性心力衰竭，2例抢救无效，于入院72h内死亡。另4例加用心肺机支持循环，1例于6天后心力衰竭控制，2例行心脏移植成功，余1例天停用心肺机，终因心力衰竭并发真菌败血症死亡。这组重症病例，4例死亡，其中3例均发生在住院初期;心脏移植3例，其中1例病程1.9年，因排斥反应，术后3天死亡。总病死率(4/35)11.4%。未做心脏移植存活者共29例，经随访1.2l～31.6个月(中位数19个月)，仅2例遗留左室功能障碍。其中1例病程6年，无症状，未服心脏药物，仅左室射血分数及缩短分数分别为50%及22%，运动试验提示运动耐力轻度下降;另1例病程刚3.8个月，心功能在恢复中。所有存活者均无心血管系统症状，无运动受限，也未服用抗心律失常药。作者分析死亡及心脏移植的高危因素，单因素分析认为发病年龄较大、左室射血分数低、需用机械通气或心肺机支持、发生过心脏骤停及室性心动过速为危险因素。多因素分析提示室性心动过速是惟一的危险因素。病毒性心肌炎仅少数可遗留左室功能障碍或过渡到扩张型心肌病，扩张型心肌病终末期做心脏移植的108个心脏中，发现至少有一个明显的炎症细胞浸润灶。扩张型心肌病患者的心肌中可检测到病毒核酸。上述临床研究提示部分扩张型心肌病是病毒性心肌炎的后果。预后好坏主要取决于心肌病变的严重程度，并与以下因素有关：
1.感染病毒的型别 柯萨奇病毒B组3型所致的心肌炎较重，而A组9型较轻。
2.病人年龄 新生儿发病死亡率最高。
3.病情复发者 预后差。
4.左室射血分数明显下降者 预后差。
5.并发室性心动过速者 预后不良。