原因一：生殖道感染
包括妇科炎症，如阴道炎、宫颈炎都可能上行感染到输卵管，造成输卵管炎症。人流术后，人体自身的防御机制受到影响，输卵管易受细菌感染，导致输卵管周围组织炎。反复做人流者，怀孕次数越多，发生异位妊娠的可能性越大。有研究显示，盆腔炎也可使异位妊娠的危险增加2.7倍。
原因二：输卵管堵塞等
输卵管太细、堵塞，或者输卵管的蠕动功能比较弱等因素，让受精卵无法顺利通过输卵管，而在输卵管着床。
原因三：有些外科手术
现在剖腹产率呈上升趋势，发生在子宫瘢痕处的异位妊娠也在增加。并且，阑尾炎穿孔也是宫外孕发生的高危因素，阑尾切除术会使宫外孕的危险增加1.8倍。
原因四：避孕方式不当
避孕药会影响雌、孕激素的水平，继而影响输卵管壁的蠕动、纤毛活动以及上皮细胞的分泌。如果激素失调，将会影响受精卵的运送而发生输卵管妊娠。有些女性缺乏自我保护意识，且没有长效避孕措施，滥用避孕药，就会增加宫外孕的危险。
原因五：不良的生活习惯
研究表明，尼古丁和酒精可影响输卵管纤毛的摆动，诱发宫外孕。据统计，吸烟者比非吸烟者的发病率高1.5—4倍。
宫外孕的发病与输卵管炎症、输卵管手术、宫内节育器放置、输卵管发育不良或功能异常、受精卵游走及输卵管周围肿瘤压迫等有关。
1、慢性输卵管炎
临床上可分为输卵管粘膜炎和输卵管周围炎，两者均为宫外孕的常见病因。严重的输卵管粘膜炎可使输卵管完全堵塞致不孕，轻者使粘膜皱襞粘连导致管腔变窄，蠕动不良而影响受精卵在输卵管内的正常运行，致使中途受阻而在该处着床。输卵管周围炎病变主要在输卵管的浆膜层或浆肌层，炎性渗出造成输卵管周围粘连，致使输卵管扭曲，管腔狭窄管壁蠕动减弱，从而影响受精卵的运行。
2、输卵管手术
各种形式的输卵管绝育，若形成输卵管瘘管或再通，均有导致输卵管妊娠的可能。而输卵管绝育术后的吻合复通术或输卵管成行术，均可能因管腔狭窄而导致输卵管妊娠。
3、宫内节育器放置
随着宫内节育器的广泛应用，异位妊娠的发生率增高，这可能与放置后引起的输卵管炎有关。
4、输卵管发育不良或功能异常
输卵管发育不良常表现为输卵管过长、肌层发育差、粘膜纤毛缺乏。双输卵管、憩室或有副伞等，均可成为输卵管妊娠的原因。
5、受精卵游走
一侧卵巢排卵，若受精卵经宫腔或腹腔向对侧输卵管移行，则称为受精卵游走。受精卵由于移行时间过长，发育增大，即可在对侧输卵管内着床发展成输卵管妊娠。
6、其他
输卵管周围肿瘤如子宫肌瘤或卵巢肿瘤，由于压迫到输卵管，影响输卵管的通畅，使受精卵运行受阻。子宫内膜异位症、既往异位妊娠史、助孕技术等亦与异位妊娠的发病相关。