1、儿童出现性身份障碍与解剖生理异常、天生的素质和教养环境有关。
生理性因素
主要是先天性的，任何一个与性别发育有关的生理因素（性染色体、性腺、性激素、生殖器）出了问题，都可能造成性别认同障碍，如异性的性激素水平较高，女孩睾丸激素水平高则男子气较重。
先天素质
女孩天生具有男孩气质，生性好动、强壮；男孩天生具有女孩气质，性格文静、长相秀气。
后天教养环境
家庭教养和生活环境对儿童的性别认同有着重要的影响，儿童通过观察学习和性角色的强化而认同自己的性身份。虽然家庭和社会对男孩和女孩的期望和要求有差异，但有些父母是出于本人的性格和偏好，从小让孩子穿着异性服装、鼓励异性活动，直到3、4岁仍然如此，或是家庭中缺乏父性角色。调查显示，男孩性身份障碍者大多数在5岁前失去父亲（父母离异、父亲长期在外等原因），因长期与母亲生活并多与女孩玩耍，则在行为举止和心理上也倾向女 孩特点。
性别角色的差异更多的是儿童通过观察学习和模仿而来的，而不同的文化背景和抚养方式既可以扩大也可以缩小这种性别角色的差异。因此，在此阶段对儿童进行两性化教育，可以促使男女儿童在各种个性趋向上平衡发展。分析心理学家荣格认为，男女两种心理意向分别在人格发展中起着不同的作用，其好坏优劣不能一概而论。但如果能在童年的生活经历与教养方式上消除性别的刻板印象，将有助于个性获得充分自由的发展，形成较完美和谐的人格。
2、关于性别认同的理论
心理分析理论
该理论认为，性别形成源于儿童对男性和女性之间解剖差异的意识与他们强烈的天生的性欲望的结合。其中男性生殖器的优越和重要性是一个关键性前提。男性因阉割情结而放弃恋母情结转而与父亲认同，并将社会道德融为自己个性的一部分。而女性则因为没有阴茎而自卑，把希望寄托在父亲身上，当其愿望最终不能实现时又转而认同母亲。认同是孩子健康适应同性父母的特质的开始，并通过认同过程表现出性别定型。
社会学习理论
该理论通过“认同”概念解释性别角色定型现象。他们认为，认同是一种特殊的模仿，指儿童不需要专门培训和直接奖励就把与自己关系密切的人视为被模仿者，同时复制其完整的行为模式。根据这个理论，当儿童观察或模仿所认同的同性家长时，性别定型行为就开始出现。
认知发展理论
该理论主张儿童是主动的学习者，并试图理解其社会环境。他们基于性别来组织环境，并发展有关女性应做什么和男性应做什么的概念。即儿童主动地寻找女性和男性功能的模式和规则，随后遵循这些规则试图最好地适应社会要求。在认知发展理论中，性别恒常性是一个重要的概念，主张儿童理解了他们的性别不变时性别形成才发生。
性别图式理论
该理论对性别发展和差异进行了解释。其假设是儿童和成人都有关于性别的图式，这些图式直接影响个体的行为和思维。贝姆指出，性别图式是信息的重要组织者，性别图式使个体搜索与图式一致的信息，而与图式不一致的信息则被忽视或转化。性别图式形成后，儿童就被期望按照与传统性别角色相一致的行为行事。
社会结构假说
性别角色社会化过程受到家庭结构与家长性别的影响。Johnson认为，在男孩和女孩的性别角色发展过程中，父亲比母亲所起的作用更重要。她指出，男孩和女孩在婴儿时都会体验到来自母亲的母性角色，并形成了对母性角色的最初认同。而父亲角色包括给予儿童有关外面世界的规范和期待。