本病与新生儿先天性胆管闭锁有时很难鉴别。但若把新生儿肝炎误认为胆管闭锁而作手术，可使病情恶化。两个病的鉴别诊断可以通过：
一、病史及体征
1 肝炎男婴较女婴多，而胆道闭锁女婴较男婴为多。
2 黄疸在肝炎时一般较轻，并有波动性改变，或药物治疗有明显减轻的情况;而胆道闭锁黄疽呈持续性加重白陶土色粪便。
3 肝炎时肝肿大较胆道闭锁为轻，一般很少超过右季肋下4cm;胆道闭锁肝肿大明显，质硬边钝常伴有脾肿大。
二、实验室检查
a.血清胆红素动态检测：肝炎随治疗病情发展血清胆红素浓度曲线逐渐下降而胆道闭锁随病情发展血清胆红素浓度曲线则呈持续性升高。但当重型淤胆性肝炎时亦可表现血清胆红素浓度曲线 持续上升，此时鉴别有困难
b.低密度血浆脂蛋白-X(Lp-X)测定：在胆道闭锁时胆汁在肝内淤滞，血清Lp-X则明显升高;新生儿肝炎早期呈阴性。倘若生后1.5个月以上Lp-X仍呈阴性可排除胆道闭锁的可能。
c.胆酸定量测定：胆道闭锁早期较新生儿肝炎血清中胆酸明显增高动态检测更有鉴别诊断意义。
d.检测十二指肠引流液中的胆红素量
三、影像学检查及其他
a.B超：首选的无创伤检查并可重复动态检测观察。在新生儿肝炎时其肝内外胆管呈正常管腔大小开放图像。在胆道闭锁时肝外胆道不能探出或呈线形条索状胆囊不显影或呈痕迹瘪小胆囊影像，肝常常增大并伴有脾肿大。
b.99mTC-IDA：闪烁法排泄试验在胆道闭锁早期，肝细胞功能尚接近正常，注射放射性药物后连续动态观察5分钟后可见肝脏显影，但以后见不到胆管显影，24小时内皆无排人肠管的影像而新生儿肝炎虽然肝细胞功能较差，但胆管开放，因而可见肠管内显示放射性药物
c. MRCP(磁共振胆管系统水成像)：其分辨率很高对肝内胆管及其B比邻关系的成像有助于胆道闭锁与新生儿肝炎的鉴别。
d.腹腔镜检查：腹腔镜可观察肝脏大小形态、颜色。若胆囊呈痕迹外观或呈苍白瘪小多确诊为胆道闭锁。
e.肝穿刺病理组织学检查：对胆道闭锁的早期鉴别诊断有一定意义新生儿肝炎时, 以肝实质细胞病变为主，肝小叶结构排列不整，肝细胞坏死巨细胞性变和门脉炎症;胆道闭锁则表现胆小管明显增生和胆汁栓塞，以门脉区域纤维化为主。