本病并不是因为母亲怀孕时吃了兔子肉、在家里捅过沟渠、在床上裁衣服时用了剪刀，冲撞了“胎神”所致。这种先天性畸形主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。目前医学认为可能的致病因素有：
遗传因素
部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。
感染和损伤
怀孕初期（2个月左右）的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。
慢性疾病
母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
怀孕期间服用某些药物
如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。
X线照射
怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
年龄因素
相关资料指出父母双方年龄都偏大，会使胎儿唇腭裂的风险增加。胎儿唇腭裂的风险随父母双方的年龄递增。40岁母亲与30岁母亲相比，胎儿唇腭裂的风险要高20%；而20岁到50岁之间，父亲的年龄每大10岁，胎儿唇腭裂的风险就增加12%。不过，如果父母中有一方极其年轻，这个规律就不再适用。
环境因素
主要是母亲怀孕早期（怀孕3个月以前）出现下述某种状况可能会导致胎儿唇腭裂：如怀孕期间维生素的缺乏，尤其怀孕期间叶酸缺乏；母亲在怀孕期间感染病毒，如孕妇上呼吸道感染、风疹等；接触X射线、电脑辐射等；服用抗癫痫药、类固醇激素或抗肿瘤药物、抗组胺药、长期接触农药、长期烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列胎儿唇腭裂；内分泌失调，由于精神性或损伤性的因素，如遭到强烈的精神刺激、身体遭损伤等；营养因素，早孕期的严重呕吐、厌食、偏食等导致维生素D、叶酸、铁、钙等的缺乏也会导致胎儿唇腭裂。
遗传因素
遗传学研究证明，胎儿唇腭裂为多基因遗传性疾病，20%～30%的患者具有阳性的遗传因素。一般胎儿唇腭裂发生在第一胎的概率为1/600，如果第一胎是胎儿唇腭裂的，在第二胎发生胎儿唇腭裂的几率为3/100。如果一个婴儿的哥哥或姐姐也有这种胎儿唇腭裂，那这个婴儿便比其他婴儿多30至40倍的可能出现胎儿唇腭裂这种缺陷。我们也经常可见在患者的亲属中有类似的畸形发生。