手足口病发病初期，孩子会先有发热、咳嗽流涕和流口水等像上呼吸道感染一样的症状。有的孩子可能有恶心、呕吐等症状，以后手、足的指及趾背部出现椭圆形或梭形的水泡，疱的周围有红晕水疱的液体清亮，水疱的长轴与皮纹是一致的。
然后水疱的中心凹陷变黄、干燥、脱掉（脱屑），另外指、趾端有散在的比较坚硬的淡红色丘疹或者疱疹。
同时在口腔里，如嘴唇、舌口腔粘膜、齿龈上也有散在的水疱，但口腔里的水疱很快破溃而形成灰白色的小点或灰白色的一层膜其周围有红晕，在灰白色的膜下可以见到点状或片状的糜烂面。
1、一般症状表现：
（1）急性起病，潜伏期3—5天，有低热、全身不适、腹痛等前驱症。口腔粘膜出现散在疼痛性粟粒至绿豆大小水疱，手、足出现斑丘疹、疱疹，初起为斑丘疹，后转变为疱疹，圆形或椭圆形，约3—7mm如米粒大小，较水痘皮疹为小，质地较硬，周围有红晕，疱内液体较少，在灰白色的膜下可以见到点状或片状的糜烂面。皮疹消退后不留瘢痕或色素沉着，如有继发感染常使皮肤损害加重。
（2）除手足口外，亦可见于臀部及肛门附近，偶可见于躯干及四肢，数天后干涸、消退，皮疹无瘙痒，无疼痛感。
（3）个别儿童可出现泛发性丘疹、水疱，伴发无菌性脑膜炎、脑炎、心肌炎等。可伴有咳嗽、流涕、食欲不振、恶心、呕吐、头痛等症状。
（4）部分病例仅表现为皮疹或疱疹性咽峡炎。全病程约5—10天，多数可自愈，预后良好，无后遗症。
2、重症病例表现：
少数病例（尤其是小于3岁者）可出现脑炎、脑脊髓炎、脑膜炎、肺水肿、循环衰竭等。
（1）呼吸系统表现为：呼吸浅促、困难，呼吸节律改变，口唇紫绀，口吐白色、粉红色或血性泡沫液（痰），肺部可闻及痰鸣音或湿罗音；
（2）神经系统表现为：精神差、嗜睡、头痛、呕吐、易惊、肢体抖动、无力或瘫痪;查体可见脑膜刺激症、腱反射减弱或消失;危重病例可表现为频繁抽搐、昏迷、脑水肿、脑疝；
（3）循环系统表现为：面色苍白，心率增快或缓慢，脉搏浅速、减弱甚至消失，四肢发凉，指（趾）发绀，血压升高或下降。
3、手足口病的类型：
柯萨奇病毒A型：感染儿童多见，成人感染占21.7%。临床表现除上述外，主要特点为急性发烧、皮疹。脑膜脑炎伴有Guillain-Barré综合征和急性病毒性心肌病。