1、首次办理
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证和户口簿的原件及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
【办理时限】自受理之日起15个工作日（首次申请）。但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。
【费用】《往来港澳通行证》每本100元；一次往来签注，每个20元，二次往来签注，每个40元，并外加签注加注费20元。
2、续签
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。（不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签，如江苏连云港市）
【办理时限】自受理之日起10个工作日。
【费用】一次往来签注每个20元；二次往来签注每个40元。并外加签注加注费20元。
【特别注意】《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
3、代办
若是首次申请办理港澳通行证需要携带本人户口簿、身份证以及照片；若非首次申请，则需带好本人户口簿、身份证及前一次办理的通行证，如请人代办还需携带代办人身份证。
4、过期办理流程
《港澳通行证》过期，需要本人亲自到户口所在地的县（区）级以上的公安局出入境管理部门办理换证手续，需要携带的资料和相关手续跟第一次办理时是一样的。
办理时需要携带以下资料：
1、户口簿原件及复印件；
2、身份证原件及复印件；
3、复印件为A4规格（身份证需要复印正反面，户口簿需要复印户主页，和本人所在的那一页）
4、二寸正面免冠平面彩色近照，蓝色背景，着深色有领上衣，照片大小48X33mm头部宽度21-24mm头部长度28-33mm（必须在公安局指定的照相馆拍照，也可以在出入境拍照，记得拿照相回执，建议在出入境拍照）
5、旧的港澳通行证，需要交回出入境管理局。
需要时间：正常情况下，需要15个工作日 （办理换证，需要经省级部门审批、制证，需要的时间比较长，大概15个工作日，即三个星期的时间）。