发生兔唇的原因，遗传因素也占有一定的影响作用，家属患有兔唇等先天性疾病遗传给胎儿的几率大概为4%。兔唇的婴幼儿发生的几率会因为直系或者旁系亲属的发生有关，如果亲人有类似的畸形发生，那么新生儿患兔唇的可能性也会有所增加，因此认为唇裂畸形与遗传有一定的关系。遗传学研究认为兔唇属于多基因遗传性疾病。流行病学调查表明：在直系亲属中有兔唇畸形者，其后代的兔唇发生率比亲属中无兔唇畸形者要高。通常直系亲属有兔唇发生者，其后代发生该病的比率为4%左右。遗传因素往往难以避免，但可以通过尽量减少环境因素的干扰，减少宝宝发生兔唇的几率。
兔唇的原因除了和遗传因素有关，还和环境因素有关。这里提及的环境因素，主要指针对胚胎生长发育的环境而言，母体的整个生理状态即构成了胚胎发育的环境条件，包括营养因素、感染和损伤、内分泌的影响、药物因素、)物理损和烟酒因素。因此，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。
(1)营养因素：如果孕妇在怀孕期间缺乏维生素A、B2及叶酸等营养成分可能会提高宝宝患兔唇的几率。根据动物实验的研究，当小鼠缺乏维生素A、B2及叶酸等食物成分时，研究人员发现可以使新生的小鼠产生唇裂等畸形，因此在妊娠早期的营养缺乏可能会诱发宝宝兔唇。
(2)感染和损伤：感染和损伤也是兔唇发生的诱因。如果妈妈在妊娠的初期不小心受到某一些损伤和上海，尤其是损伤到子宫及其邻近部位，如不正当的不全人工流产或不科学的药物坠胎等，都会影响胎儿的正常发育，从而诱发畸形，发生兔唇等先天性畸形。另外，当母体受到病毒感染，患上风疹等病毒性感染疾病，也能影响胚胎的发育而成为诱发兔唇。
(3)内分泌的影响：主要和母体内激素成分有关。妊娠早期的妇女因患病使用激素治疗后，出生的婴儿可能会有某种先天畸形的发生。此外，在兔唇患儿家族史的调查中，也有研究发现母亲如果在怀孕初期曾经经受过某种精神类创伤，正常情况下会发应激反应，从而使体内肾上腺素分泌增多，影响正常的内分泌，可能诱发先天性畸形。
(4)药物因素：医生一般不建议妈妈在怀孕期间服用药物，因为多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎，因此减少用药或者不用药能避免对胎儿的发育带来不好的影响。有些药物可能影响胚胎的发育而造成畸形，目前已知的抗肿瘤药物(如环磷酰胺、氨甲喋呤等)、抗惊厥药物(苯妥英钠)、抗组织胺药物及治疗妊娠性呕吐的敏克静和某些安眠药物(如沙立度胺)均可导致胎儿畸形。
(5)物理损伤：如放射线、微波等。如在胎儿发育时期，孕妇频繁接触放射线或微波等均可能影响胎儿的生长发育而成为唇裂发生的可能诱因。
(6)烟酒因素：在怀孕前六个月，爸妈就要做好戒烟酒的工作。如果在妊娠早期大量吸烟及酗酒，其子女唇裂的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高，因而也是导致胎儿发生唇裂的可能因素之一。